Het is niet bekend wanneer er voor het eerst een orgel werd gebruikt in de parochie. Toen in 1773 de toenmalige schuilkerk afbrandde is waarschijnlijk ook het gehele parochie- archief verloren gegaan. Van de periode vòòr de brand zijn dan ook nagenoeg geen gegevens in het huidige archief aanwezig. Ook is niet bekend of deze schuilkerk wel een orgel heeft gehad.

Na de brand werd op dezelfde plaats binnen twee jaar een nieuwe kerk gebouwd. Of er vanaf het begin een orgel aanwezig is geweest, valt niet meer te achterhalen. Het eerste bericht over een orgel dateert uit 1812. In het Inkomsten/Uitgavenboek van het Kerkbestuur staat de volgende post vermeld: "Betaalt aan de orgelmaker voor het ripperere stelle van het orgel". Dit betekent dat er in 1812 in ieder geval een orgel aanwezig was.
De volgende post dateert uit 1820, en nu wordt ook de naam van de orgelmaker vermeld : G.P. Reusener. Dat ook deze keer het orgel werd schoongemaakt en gerepareerd, zou deels een gevolg kunnen zijn geweest van de grote verbouwing en uitbreiding van het kerkgebouw in 1818.
De orgelmaker George Pieter Reusener ( in de boeken van het kerkbestuur overigens consequent Reusenaar genoemd) was gevestigd in Delft en heeft o.a.  in deze stad in diverse kerken werkzaamheden verricht.

Tot 1835 heeft Reusener het instrument in onderhoud. Gedurende die tijd zijn enkele reparaties verricht, o.a. in 1827/28 en in 1830, toen een aantal pijpen naar de werkplaats van de orgelmaker werden vervoerd. Dit vervoer gebeurde per schip en wel door de schipper Van der Kade.

Vanaf 1836 komt het orgel in onderhoud bij de orgelmakers J.A. van Beek en C.J. Weenig te Leiden. De reden van deze verandering is niet duidelijk. Het meest waarschijnlijk is dat meerdere orgelmakers hadden ingeschreven op het verrichten van reparatiewerkzaamheden en dat aan de goedkoopste orgelmaker het werk werd gegund.
De reparatie werd kennelijk in fasen uitgevoerd, want gedurende de jaren 1836 t/m 1839 wordt elk jaar aan het orgel gewerkt. De kosten hiervoor bedroegen in totaal ƒ 239,-.  Ten behoeve van de werkzaamheden verbleven de orgelmaker en zijn knecht de eerste twee jaren bij de kastelein J. Ammerlaan: de twee jaren daarop bij logementhouder D. Verburg.
Dat er naast het werk ook wel tijd voor ontspanning was blijkt uit de post :"Brievenpost, Sterkendrank en andere behoeften voor de orgelmakers en ververs". Kennelijk werden er dus ook schilderwerkzaamheden verricht.

Van 1840 tot 1845  wordt het orgel gestemd door Machiel Beekes (een zoon van Wander Beekes), orgelmaker te Delft.

In 1847 komt een andere orgelmaker om de hoek kijken, nl. D. van Gelder uit Rotterdam. Hoewel niet te achterhalen is wat de reparatie precies ingehouden heeft, blijkt uit het bedrag ad ƒ 220,- dat dit toch omvangrijke werkzaamheden moeten zijn geweest.  Ten behoeve van deze werkzaamheden heeft de al eerder genoemde schipper A. van der Kade het orgel getransporteerd naar de werkplaats van de orgelbouwer en - na de restauratie - weer terug gebracht naar Pijnacker.
De enige bekende bron waarin de dispositie van het orgel staat vermeld is de dispositieverzameling van Georg Hendricus Broekhuyzen. Hierin staat vermeld:
 
 

Het in deze verzameling genoemde jaartal 1849 is dus niet juist en moet 1847 zijn.

In 1864 is de volgende reparatie noodzakelijk geworden en wederom wordt deze door een andere orgelmaker uitgevoerd. Een contract wordt gesloten met de orgelmaker J. Schaaffeld. Dit contract is het enige stuk betreffende het orgel dat in het historisch archief van onze parochie aanwezig is.
Blijkens dit contract wordt het pijpwerk uit de kast genomen. Pijpwerk, windlade, mechaniek en blaasbalgen worden grondig gereinigd. Tevens worden enige reparaties verricht. Het pijpwerk wordt opnieuw geïntoneerd en in een gelijkzwevende temperatuur gestemd.
Reparaties worden verricht aan Blaasbalgen ( nieuw leder), windkanalen en klaviatuur.
De frontpijpen worden met foelie of bladtin belegd, waardoor het front een geheel nieuw aanzien krijgt.
Verder is nog bepaald dat gedurende de werkzaamheden "aan den orgelmaker een hulp of handlanger" zal worden verstrekt en dat er "ten zijnen diensten een stijgertje voor het orgel zal worden geplaatst".
Het onderhoud wordt gedurende een aantal jaren door J. Schaaffeld verricht totdat de orgelmakerij wordt overgenomen door de orgelmaker P.C. Bik. 

Ondanks de regelmatige werkzaamheden blijkt men toch niet zo tevreden te zijn geweest met dit orgel.
Als het in 1887 weer gerepareerd moet worden wil het kerkbestuur er niet langer geld in steken en middels een brief van 27 april 1887 aan de bisschop van Haarlem verzoekt men machtiging om over te gaan tot de aanschaf van twee harmoniums. Een om het oude orgel in de kerk te vervangen "welk orgel allerbelangrijkste reparatie zou moeten ondergaan en toch een onding zou blijven" en een harmonium voor de school "ten dienste van de zangers voor hunne zangoefeningen".
Daar het oude orgel volgens het kerkbestuur nagenoeg geen waarde meer heeft acht men het beter het terwille van het zicht te laten staan dan om het te verkopen. Op dit verzoek wordt door het bisdom positief gereageerd.
Na het gereedkomen van de nieuwe kerk wordt het instrument in 1893 alsnog verkocht aan de orgelmaker P.C. Bik te Leiden voor een bedrag ƒ 80,-. Bij dit nog steeds bestaande bedrijf was echter niet meer te achterhalen wat er verder met het instrument is gebeurd.