Het onderhoud van het orgel is altijd in handen gebleven van de firma Adema. Ook de grotere werkzaamheden zijn altijd door deze firma uitgevoerd.
Slechts éénmaal werd overwogen het gehele orgel te vervangen i.p.v. te restaureren. Hierbij was sprake van de aanschaf van een zg. "Dereux-orgel", een elektronisch instrument wat gebruik maakte van op optische schijven vastgelegde klanken van bestaande pijporgels. De toenmalige organist van de kerk, Nol van der Helm, wist het kerkbestuur er echter van te overtuigen dat het Adema-orgel kwalitatief dermate goed was dat restauratie zeer de moeite waard zou zijn. Daarmee was eventuele vervanging van de baan en koos het kerbestuur voor restauratie.
Hierna volgt een overzicht van de meest ingrijpende en/of opmerkelijke gebeurtenissen uit de afgelopen honderd jaar.

Een doorbuigende vloer
Tot voor kort werd aangenomen dat het orgel in de loop der tijd door "ouderdom" enigszins scheef was komen te staan. Uit de archieven kwam echter een geheel ander verhaal naar voren. De achterste helft van de orgelkas staat namelijk in de toren en rust dus op de stenen vloer hiervan. De voorste helft van de kas steunt echter op de vloer van de koorzolder. Deze houten vloer is door het gewicht van de laden en pijpen enigszins doorgebogen, zodat de kas scheef kwam te staan. Op de oudste bewaarde rekening betreffende het orgel, welke dateert uit 1907, staat al vermeld dat wegens deze doorbuiging de mechaniek in het ongerede was geraakt en hersteld moest worden.

Een elektrische windvoorziening
Nadat zowel het Gemeentehuis als de Dorpskerk van "electrisch licht" waren voorzien, vond het kerkbestuur dat zij niet achter kon blijven : men kon wel eens gaan denken dat de RK Kerk tegen electriciteit was! Dus werd besloten kerk en pastorie op het electriciteitsnet aan te sluiten. 
Dit opende de mogelijkheid om ten behoeve van de windvoorziening van het orgel voortaan een electrische ventilator te gebruiken. Tot die tijd was altijd een orgeltrapper nodig, welke beurtelings de twee schepbalgen in moest trappen om het instrument van wind te voorzien, een vermoeiend werk dat jarenlang door S. Frentsch werd verricht.
In 1919 was het dan zover. Door T. Kemp uit Pijnacker, zich op de rekening noemend "Mr. loodgieter, Zinkwerker, leidekker & Pompenmaker" werd een "Motor Lijding gelegd". Het tijdperk van de orgeltrapper was hiermee afgesloten. De originele schepbalgen en de trapinrichting zijn nog steeds aanwezig maar niet meer aangesloten. Wie deze ventilator heeft geplaatst is niet bekend. De firma Adema, die het orgel in onderhoud had, brengt alleen het standaardbedrag voor stemmen in rekening en rept met geen woord over de windvoorziening.
Financieel gezien was dit geen slechte investering. Tot dan toe betaalde men aan de orgeltrapper jaarlijks een bedrag van ƒ  25,-, welke post nu kwam te vervallen. Hiervoor in de plaats kwamen de kosten voor electriciteit. Dit bedrag was echter aanzienlijk lager : In het  jaar 1921 werd een bedrag van ƒ 2,40 voor "electrisch licht orgel" betaald, zijnde 12 maanden à 20 cent!

Het aanbrengen van een zwelkast
In 1924 vinden voor de eerste keer grotere werkzaamheden plaats. Wat er precies gedaan wordt weten we niet, aangezien het contract niet meer aanwezig is. Wel is duidelijk geworden dat er om het pijpwerk van het tweede klavier, het Reciet, een zwelkast is aangebracht. De aangebrachte trede had dezelfde lepelvorm als de reeds (en nu nog) aanwezige koppeltreden. 
Ook is een rekening bewaard gebleven van het Haagse bedrijf Bouvy & Co, zich noemende de "Eerste Nederlandsche Fabriek van Electrische Windmachines voor Kerkorgels en Electrische Klokluidinrichtingen". De werkzaamheden houden in het nazien van de windmachine, het beproeven van een nieuwe motor en herstelling van de electrische leiding.

Voorstel tot ombouw en pneumatisering
Toen ons orgel werd gebouwd, werd er reeds geruime tijd geëxperimenteerd met andere speelsystemen om de speelaard lichter te maken. In hetzelfde jaar waarin ons orgel werd opgeleverd, bouwde P.J. Adema zijn eerste pneumatische orgel in Uitgeest. De mechanische verbinding tussen toets en windlade, bestaande uit dunne houten latjes, de zg.  abstracten, en een aantal metalen winkelhaken bij de draaipunten, werd hierbij vervangen door een systeem met buizen, waarbij met behulp van luchtdruk na het indrukken van een toets het bijbehorende ventiel werd geopend.
Na enkele tientallen jaren was de mechanische tractuur vrijwel geheel verdrongen door de pneumatiek.
Geheel in de geest van deze ontwikkeling doet Joseph Adema in 1929 dan ook een voorstel het in zijn ogen verouderde (mechanische) systeem te vervangen door een moderne pneumatische inrichting volgens de nieuwste kegel, buizen en membraamsystemen. Gezien de totaal andere technische aanleg was het hierbij noodzakelijk zowel windladen als speeltafel door nieuwe exemplaren te vervangen. De windvoorziening bleef gehandhaafd evenals het pijpwerk, dat in goede conditie verkeerde. Wel werden enkele registers omgewisseld en werd het 
orgel uitgebreid met een Violine 4'. De nieuwe dispositie zou worden: 

Of dit nu te duur werd bevonden ofwel dat men een dergelijke ombouw niet nodig vond, in ieder geval is het kerkbestuur op dit voorstel niet ingegaan.

De restauratie van 1953
Aan het begin van de vijftiger jaren was het noodzakelijk geworden om een grote reparatiebeurt te laten uitvoeren. Hierbij werden tevens enkele wijzigingen doorgevoerd. In het kort waren de werkzaamheden als volgt:

Schoonmaken : Al het pijpwerk wordt uit het orgel genomen, schoongemaakt en waar nodig gerepareerd. Tevens worden de windladen gereinigd en waar nodig hersteld.

De zwelkast van het tweede klavier wordt verwijderd.

De grootste pijpen van de Viola, die om in de zwelkast te passen waren verkropt, worden afgezaagd en zonder verstek weer recht gemaakt.

De klavieren worden gedemonteerd, opnieuw bevilt en, tezamen met de mechaniek, opnieuw gesteld.

De boringen in de slepen, sponsels en stokken in de discant van de hoofdwerklade worden opgeboord.

De 24 grootste pijpen van de Bourdon/Subbas worden uit het orgel genomen en geplaatst op een pneumatische windlade buiten de orgelkas tegen de zijmuur van de toren. Deze lade krijgt zijn wind direct uit de hoofdbalg.

Het pijpwerk van de Piccolo 2' wordt in de discant vernieuwd, omdat het bestaande pijpwerk "niet voldoende timbre bezit en meer staat te blazen dan spreekt".

Uitbreiding van het tweede klavier met een Sexquialter 1-2 sterk, waarbij het pijpwerk correspondeert met de reeds aanwezige openfluitstemmen. 

Plaatsing van een nieuwe windmachine, waarbij tevens een nieuw reguleerventiel wordt aangebracht. Deze windmachine, welke nog steeds in gebruik is, maakt 1430 omwentelingen per minuut en levert 10m3 wind per minuut bij een druk van 120mm WK.

De 24 grootste pijpen van de Subbas 16'  zijn sinds 1953 tegen de torenwand geplaatst.

Een strenge vorstperiode
In 1963, een jaar met een zeer strenge winter, loopt het orgel grote schade op. Wegens de lange vorstperiode en het bijbehorende stoken was het hout van de windladen sterk gaan krimpen en trad windverlies op. Het zou echter nog tot 1966 duren voordat er een voorstel komt voor de werkzaamheden aan het orgel.
Behalve restauratie van de windladen komt tevens een wijziging in de dispositie ter sprake. In de tijd dat het instrument werd gebouwd was het gebruikelijk het pedaal van weinig registers te voorzien. Daarom wordt voorgesteld een zelfstandig pedaal te plaatsen achter de lade van het tweede klavier en de orgelkast daartoe te vergroten. Tevens zou het Hoofdwerk met twee registers worden uitgebreid en bij het Reciet de Fluit harmoniek worden vervangen door een Quintadeen 8'. 
Aangezien op dit voorstel niet werd ingegaan, volgde in 1975 een nieuw, soberder voorstel, waarbij de toevoeging van het pedaal en de uitbreiding van het Hoofdwerk waren vervallen. Wel werd voorgesteld de Mixtuur van 2-3-4 sterk ook in de bas op 4 sterk te brengen.
Uiteindelijk werden alleen de windladen gerestaureerd en werden de onderste twee octaven van de Piccolo vervangen door nieuw pijpwerk. 

De negentiger jaren
Als in het begin van de negentiger jaren het kerkgebouw wordt gerestaureerd, wordt het orgel geheel ingepakt in plastic. Kerk en orgel zijn enkele maanden buiten gebruik, en de diensten worden gehouden in het parochiehuis. Toch wordt in deze periode het orgel wekelijks geïnspecteerd en bespeeld. Helaas gaat het op het allerlaatste moment mis. Bij het weghalen van de plastic "verpakking" valt alsnog een hoeveelheid gruis in de orgelkas, waardoor lade en pijpwerk van het Hoofdwerk moesten worden gereinigd.

Na de feestelijkheden rondom het 100-jarig bestaan van de kerk in 1992 komt ook het 100 jarig bestaan van het orgel in zicht.  Na inspectie blijkt dat er toch wel enige werkzaamheden moeten worden verricht om het instrument in net zo'n goede staat te krijgen als het kerkgebouw na zijn opknapbeurt. 
Met name de grote magazijnbalg en het bijbehorende windkanaal worden grondig onder handen genomen. De balg wordt gedemonteerd en naar de werkplaats van de firma Adema-Schreurs in Amsterdam gebracht. Na aldaar opnieuw te zijn beleerd keert de balg als nieuw weer terug naar Pijnacker. De speeltafel wordt opnieuw afgeregeld en voorzien van nieuwe stelmoertjes. Tevens worden een aantal toetsen voorzien van nieuw ivoor. Hiervoor wordt gebruik gemaakt van mammoetivoor, afkomstig uit Rusland.
Het meest in het oog lopend is echter de schoonmaak van het front, waardoor het instrument ook voor het oog straalt.
Belangrijk voor het onderhoud zijn het aanbrengen van een vlondertje binnen in de kas van het orgel en het uitneembaar maken van de vloer vlak voor de speeltafel. Hierdoor is de mogelijkheid geschapen om tijdens het stookseizoen een aantal emmers en bakken gevuld met water in het orgel te plaatsen. Zodoende blijft de luchtvochtigheid op peil en blijft het instrument ook in de winter goed bespeelbaar.

Het orgel anno 1999